MES系統在不同行業有不同行業的應用特點，行業和應用需求的不同而導致不同行業的MES有著比較大的差異。這篇文章主要討論的是醫藥行業MES系統面臨的現狀和挑戰。

（1）醫藥企業對MES缺乏正確的理解，對實施MES的目標不明確。實施MES不等于無人化操作，只是減少人工操作失誤，減少紙質文檔，進行數據采集，提高產品質量以及管理者決策的及時性。

（2）MES系統需要與其他系統進行協同集成，例如ERP系統，LIMS系統等，也需要和生產控制系統等集成。涉及的系統種類多，接口類型多變，不同系統又涉及不同的供應商和子供應商，系統和系統之間的協調往往花費大量的時間和精力。

（3）一些制藥企業生產模式多樣化，有的企業是針對多個車間進行MES系統實施，有多品種的小批量的制劑車間，又有單一原料的固體制劑車間。不同產品和物料之間工藝路線差別大，規范化的生產管理實施有一定的難度。

（4）MES強調數據的實時性、數據的分析處理、以及對生產的監管。在執行過程中需要具有質量管理人員、工藝生產人員、系統工程師等多人參與，但可能執行層對工作管理方式和流程的改編比較抵觸，導致實施延遲或失敗。

（5）對系統實施的風險認識不深。鑒于制藥行業的特點，即使不同企業之間生產類似的產品，但涉及企業的詳細業務流程和生產管理運營方式各有不同，MES系統也不相同。所以系統實施過程中，必須對風險進行必要的識別、預警和控制。

隨著中國智能制造4.0對制造業帶來的巨大變革，MES必將變成整個供應鏈的一個重要部分。越來越多的制藥工廠也已經開始逐步實施MES系統，用以提高質量、提高合規性、提高管理效率、實現精益生產管理。